Terminály jsou na letišti rozlišeny podle země, do které cestujete. Terminál 1 je určen pouze pro lety do zemí mimo Schengenský prostor. Z Terminálu 2 jsou odbavovány lety do zemí Schengenského prostoru.
Vzhledem k probíhajícím stavebním pracím na Evropské ulici doporučujeme cestujícím, aby na Letiště Václava Havla Praha cestovali s dostatečným časovým předstihem nebo využili alternativní trasy